Джон Малон Марлин родился в Коннектикуте в 1836 году. Был учеником слесаря и литейщика до Гражданской войны (1861-1865). Во время Гражданской войны Джон устроился работать на завод компании «Кольт» в Хертфорде. В 1870 году смог основать свой собственный бизнес в Нью-Хавене, штат Коннектикут. В период с 1870 по 1899 год, его компания выпускала несколько моделей револьверов и пистолетов, и даже небольших крупнокалиберных пистолетов. Бизнес неплохо развивался, а с выходом  моделей винтовок 1891 и 1893 , известные сегодня как модели 39 и 336, компания получила широкую известность.  Компания еще более окрепла с приходом в нее Чарльза Дейли, который изобрёл известную матчевую винтовку Ballard (Баллард), которая впоследствии выпускалась компанией Марлин под патроны различных калибров. В 1893 году Дейли продал Марлину свою долю акций компании.

В 1870 году компания «Винчестер» стала выпускать удачные по своей конструкции рычажные винтовки Model 1866 и Model 1873, но Джон Марлин желал удержать свою долю рынка, поэтому в этом же году он выпустил модель 1881 калибра .45-70 Governement. На вооружении армии США состояла винтовка 1873 Спрингфилд Trapdoor этого же калибра, который пользовался в то время большой популярностью. Джон Марлин улучшил конструкцию рычажного механизма, разработав ствольную коробку и механизм таким образом, что стреляная гильза выбрасывалась сбоку, а не через отверстие сверху, как раньше. Марлин в своих будущих моделях стал использовать этот  механизм. В 1893 году Марлин выпустил рычажные винтовки калибров .32-40 и .38-55. С появлением у Винчестера бездымного патрона калибра .30-30, Марлин немедленно наладил выпуск петроны данного калибра и соответствующие ему модели винтовок. К известным его моделям того времени относятся винтовки 1891 и 1897, которые использовались Энни Оукли и Биллом-«Быком» Коуди в их шоу «Дикий Запад».

Джон Марлин умер в 1901 году, и дело было продолжено двумя его сыновьями. В том же году они стали владельцами компании «Ману- фекчеринг Компани», которую продали в 1925 году компании «Лиман». Наряду с оружием они выпускали рожки для обуви и наручники. В начале Первой мировой войны, в 1915 году, компания «Марлин» была куплена торговой компанией из Нью-Йорка. Название «Марлин» было сменено на «Марлин Роквелл Корпорэйшн». Производство спортивных и охотничьих винтовок значительно сократилось, а все внимание было направлено на выпуск автомата Кольт-Браунинг Ml895 для армии США. После войны Роквелл потерял интерес к спортивным и охотничьим винтовкам, поэтому компания «Марлин-Роквелл» стала самостоятельным концерном вплоть до 1923 года.

В 1924 году из-за финансовых трудностей компания была продана всего лишь за   100    долларов юристу Франку Кенне. Ему перешел и долг компании в размере 100000 долларов. С этого времени бизнес оставался в семье Кенны. В 1947 году, после смерти Франка Кенны, компания перешла к его сыну Роджеру. В 1953 году компания представила систему микронарезки стволов. Прежде процесс нарезки стволов был дорогостоящ и занимал много времени. Инженеры компании разработали процесс, позволявший наносить небольшие мелкие нарезы за одну операцию. В 1959 году Роджера сменил его сын Франк, а в 1969 году в Норт-Хавене, штат Коннектикут, начал работать новый завод. В 1990 году, в честь 125-летия со дня основания компании, выпустившей и продавшей в общей сложности 25000000 винтовок, была выпущена специальная юбилейная модель M1894CL.